Die Nikolaikirche stammt ursprünglich aus dem 15. Jahrhundert.
1571/76 löste Eitel Hans von Westernach durch die Einführung der Reformation Bächingen von der Mutterkirche im benachbarten Brenz (Bistum Augsburg) und stiftete die heutige Pfarrei.
Seither ist Bächingen evangelisch geblieben und ist bis heute eine von nur vier Gemeinden zwischen Ries und Bodensee,
deren Einwohner mehrheitlich evangelisch sind.
1752 wurde ein Kirchenneubau errichtet, der Teile der Vorgängerkirche aus dem 15. Jahrhundert, wie die südliche Langhauswand und die Süd- und Westwand des Turmes, wiederverwendete.
In der Kirche befindet sich das Epitaph des Eitelhans von Westernach († 1576) mit Ganzfigur in Rüstung und mit Wappen und das Epitaph der Margaretha von Westernach († 1553).
Das barocke Taufbecken wurde 1709 geschaffen, die Kanzel stammt ebenfalls aus dem 18. Jahrhundert.